რელიგიის საკითხთა სახელმწიფო სააგენტო საქართველოს მთავრობის 2014 წლის 19 თებერვლის დადგენილებით შეიქმნა. სააგენტოს შექმნის შესახებ 2014 წლის 7 თებერვლის მთავრობის სხდომის დასრულებისთანავე გახდა ცნობილი.167 რელიგიური გაერთიანებებისთვის მთავრობის ეს გადაწყვეტილება მოულოდნელი აღმოჩნდა. რელიგიურმა გაერთიანებებმა სააგენტოს დაფუძნებისთანავე მიუთითეს იმ საფრთხეებზე, რომლებსაც, მათი აზრით, ამ სპეციალიზებული უწყების შექმნა წარმოქმნიდა. რელიგიური გაერთიანებები არსებით ხარვეზებად ასახელებდნენ: 1. მათ ავტონომიაში ჩარევის რისკებს; 2. ამ გადაწყვეტილების მიღებამდე მათთან კონსულტაციების არარსებობას, რაც სააგენტოს მიზნებსა და უფლებამოსილებებს ბუნდოვანებას სძენდა; 3. სააგენტოს შექმნის გაცხადებულ მიზნებს შორის რელიგიის თავისუფლების, თანასწორუფლებიანობის და სეკულარიზმის პრინციპების დაცვის გამოწვევების არასაკმარისად წარმოჩენას.

როგორც შემდგომ გაირკვა, რელიგიის სააგენტოს საქმიანობასა და ფუნქციების შესახებ არაერთგვაროვანი წარმოდგენები ჰქონდათ ამ სააგენტოს შექმნაში უშუალოდ ჩართულ ადამიანებსაც. ზოგიერთი მათგანისთვის სააგენტო ქვეყანაში რელიგიური თავისუფლების უზრუნველყოფის და სახელმწიფოსა და რელიგიურ გაერთიანებებს შორის მოქნილი, გამჭვირვალე და დემოკრატიული ურთიერთობის მექანიზმი იყო, მაგრამ საქმიანობის პროცესში გამოვლინდა, რომ სააგენტოს საქმიანობაზე კონტროლი საქართველოს სახელმწიფო უშიშროების სამსახურის ხელში აღმოჩნდა.რელიგიის საკითხთა სააგენტოსთვის კანონმდებლობით დასახულ მიზნებსა და რეალურ საქმიანობას შორის შეუსაბამობაზე სხვადასხვა დროს საუბრობდნენ არა მხოლოდ ცალკეული რელიგიური გაერთიანებების წარმომადგენლები, საერთაშორისო და ადგილობრივი ორგანიზაციები, არამედ სააგენტოს საქმიანობაში ჩართული აკადემიური სფეროს წარმომადგენლებიც, რომელთა უმრავლესობამ, ამ უწყების დისკრიმინაციული და არადემოკრატიული საქმიანობის გამო, სააგენტოსთან საქმიანი ურთიერთობა გაწყვიტა.​

სააგენტოს მისამართით გამოთქმული კრიტიკის მნიშვნელოვანი ნაწილი მუდმივად არის სააგენტოს მიმართ რელიგიური გაერთიანებების ნდობის არარსებობა. ამ გარემოების გამო სააგენტოს კრიტიკა ბუნებრივია, რადგან შეუძლებელია სახელწიფომ შეძლოს რელიგიურ გაერთიანებებთან ეფექტიანი და მჭიდრო კოორდინაცია, თუკი ამ საკითხებზე მომუშავე ორგანო დისკრედიტირებულია და რელიგიური გაერთიანებები ამ უწყებასთან ღია და მჭიდრო კომუნიკაციას უფრთხიან. რელიგიურ გაერთიანებებსა და სააგენტოს შორის თავიდანვე არსებულ უნდობლობაზე მეტყველებს ეროვნული უმცირესობების დაცვის შესახებ ევროპული ჩარჩო კონვენციის (FCNM) საკონსულტაციო კომიტეტის რეკომენდაცია, რომელიც სააგენტოსა და სახალხო დამცველთან არსებულ რელიგიის საბჭოს შორის თანამშრომლობაზე მიუთითებს. თუმცა ამ თანამშრომლობისთვის მზაობას რელიგიის საკითხთა სახელმწიფო სააგენტო არ გამოხატავს.

სრულად, იხ. მიმაგრებულ დოკუმენტში